A kőküszöbös-medencés hallépcső medencék és az azokat elválasztó bukók sorozataként tervezhetők. A medencék kialakításánál a lehető legváltozatosabb struktúra kialakítása szükséges, mind a keresztszelvény, mind a vízmélység és az áramlási viszonyok vonatkozásában. Alkalmazandók a természetközeli vízfolyás-szabályozás irányelvei, mint pl. kavicságy kialakítása durvakavicsból, majd arra vízépítési kövek elhelyezése, esetleg geotextíliák felhasználása. Az így kialakított változatos meder elősegíti a gerinctelen bentoszfauna megtelepedését, vándorlását. A fenéken elhelyezett durvább kövek visszatartják a finom üledéket és így a mélyedések természetes módon töltődnek fel.
Az egyes bögéket elválasztó bukóknak csak közelítő méretezése lehetséges, végleges elhelyezésük csak az üzemelési tapasztalatok alapján lehetséges. A kövek elhelyezésénél azonban fontos, hogy a bukóélet megosszák kis és nagyobb átbukási sebességű szakaszokra. Így a jobb úszási képességekkel rendelkező halak és a kistestű halak, illetve a halivadékok egyaránt jó eséllyel juthatnak túl az akadályon.
A bukó szélén külön figyelmet kell fordítani a kőfelületek kialakítására, törekedni kell a minél érdesebb, tördeltebb felületekre, amelyek a vízsebesség csökkentését elősegítik. A kialakításnál viszont arra is figyelmet kell fordítani, hogy zavaróan örvénylő vízmozgás, amely a halak tájékozódását megzavarhatja, lehetőség szerint ne alakuljon ki.
A pihenő medencék feladata kettős. Egyrészt a hallépcső egyéb szakaszaitól eltérő folyási viszonyok kialakítását kell biztosítani, másrészt törekedni kell egy táplálékgazdagabb mederszakasz kialakítására is. Ez főleg a kistestű halak és a halivadékok szempontjából lehet fontos, melyeknek a hallépcső leküzdése több napig tarthat. A pihenőtavak sekélyebb holttereiben várhatóan a vízhőmérséklet is magasabb lesz.
Az alvízi visszatorkollást úgy kell kialakítani, hogy a hallépcsőn keresztül érkező víz a csalivíz funkciót is ellássa, ajánlatos a kilépési helyen egy öböl kialakítása.
A természetközeli megoldások hidraulikai méretezésének nehézségei, bizonytalansága, az építőanyagok (kövek) előzetesen csak durván becsülhető mérete, a beépíthetőség pontatlansága miatt az előzetesen javasolt fő paraméterek természetesen változhatnak. Ezért fontos szempontként kell figyelembe venni a megvalósítás pénzügyi és műszaki ütemezésénél a beüzemelés feltételeinek megteremtését, a működőképesség folyamatos figyelemmel kísérését (monitoring), az eredmények értékelése alapján a szükséges intézkedések, átalakítások végrehajtását.